Интеллектуальное возрождение Западной Европы началось с зарождения средневековых университетов в 12 веке. Эти городские учреждения выросли из неформальной научной деятельности ученых монахов, которые посещали монастыри, консультировались в библиотеках и беседовали с другими коллегами-учеными. Ставший известным монах привлекал к себе множество последователей, давая начало братству ученых (или коллегии по-латыни). Коллегия может отправиться в город или обратиться в монастырь с просьбой принять их. Однако, если бы число ученых в коллегии стало слишком большим, они предпочли бы вместо этого поселиться в городе. По мере того, как число коллегий в городе росло, коллегии могли просить своего короля даровать им хартию, которая преобразовала бы их в universitas. В этот период было учреждено множество университетов: первый в Болонье в 1088 году, за ним последовали Париж в 1150 году, Оксфорд в 1167 году и Кембридж в 1231 году.

Предоставление хартии означало, что средневековые университеты были частично суверенными и независимыми от местных властей. Их независимость позволяла им вести себя самостоятельно и судить о своих членах на основе их собственных правил. Более того, будучи изначально религиозными учреждениями, их преподаватели и студенты были защищены от смертной казни (например, виселицы). Такая независимость была вопросом обычая, который, в принципе, мог быть отменен соответствующими правителями, если бы они почувствовали угрозу.

Обсуждения различных предметов или претензий в этих средневековых институтах, какими бы противоречивыми они ни были, проводились формализованным образом, чтобы объявить такие дискуссии находящимися в пределах университета и, следовательно, защищенными привилегиями суверенитета этого института. Заявление может быть описано как ex cathedra (буквально “с кафедры”, используется в контексте преподавания) или ex hypothesi (по гипотезе). Это означало, что дискуссии были представлены как чисто интеллектуальное упражнение, которое не требовало от участников подтверждения истинности какого-либо утверждения или обращения в свою веру. Современные академические концепции и практики, такие как академическая свобода или свобода исследования, являются остатками этих средневековых привилегий, которые допускались в прошлом. наука

Учебная программа этих средневековых учебных заведений была сосредоточена на семи свободных искусствах, которые были направлены на то, чтобы дать начинающим студентам навыки рассуждения и научного языка. Студенты начинали свое обучение с первых трех свободных искусств или тривиума (грамматика, риторика и логика), за которыми следовали следующие четыре свободных искусства или квадривиум (арифметика, геометрия, астрономия и музыка). Те, кто выполнил эти требования и получил степень бакалавра (или бакалавра искусств), имели возможность поступить на более высокий факультет (юридический, медицинский или теологический), который давал степень LLD для юриста, MD для врача или ThD для теолога. Студенты, которые решили остаться на низшем факультете (искусство), могли бы работать над получением степени магистра и изучать три философии: метафизику, этику и естественную философию. Латинские переводы работ Аристотеля, таких как De Anima (О душе) и комментарии к ним, были обязательным чтением. Со временем низшему факультету было разрешено присваивать собственную докторскую степень, называемую PhD. Многих магистров привлекали энциклопедии, и они использовали их в качестве учебников. Но эти ученые жаждали полных оригинальных текстов древнегреческих философов, математиков и врачей, таких как Аристотель, Евклид и Гален, которые в то время были им недоступны. Эти древнегреческие тексты можно было найти в Византийской империи и исламском мире.